Le problème de la détermination de la juridiction compétente peut poser certaines difficultés . 

En effet , en cas de rejet de la réclamation, la contestation doit être portée suivant la nature de l'imposition devant les juridictions administratives ou devant les juridictions judiciaires. 

Les critères de compétence ne sont pas strictement cohérents et ne reposent pas comme il est indiqué trop souvent sur l'opposition impôts directs / impôts indirects. Cette dernière repose au demeurant sur des critères délicats à mettre en œuvre . 

Les systématisations sont en la matière passablement délicates et certains textes ont faussé la logique initiale. A l'heure actuelle, il paraît clair que l'on est en présence d'une compétence d'attribution à la logique incertaine.

Les solutions sont donc les suivantes ; 

elles sont posées par l'article L. 199 du LPF : 

 - Le tribunal administratif est compétent en matière d'impôts directs et de taxes sur le chiffre d'affaires ou de taxes assimilées. 

 - Le tribunal de grande instance est compétent en matière de droits d'enregistrement, de taxe de publicité foncière, de droits de timbre, de contributions indirectes et de taxes assimilées à ces droits, taxes ou contributions. Il est également compétent en matière d'ISF. En effet, ce dernier est assis et recouvré selon les mêmes règles que les droits de mutation par décès est au nombre des droits d'enregistrement dont le contentieux ressortit à la compétence des tribunaux de l'ordre judiciaire en application des dispositions de l'article L. 199 du LPF. 

Les juridictions judiciaires sont également compétentes en matière de taxe sur les véhicules de société.

Il faut noter un point important :

Le contentieux des impôts ou taxes qui n'entrent pas dans l'une ou l'autre des catégories des impôts directs et des impôts indirects est compris dans le contentieux général des actes et des opérations de puissance publique et relève à ce titre de la juridiction administrative. 

C'est par exemple le cas de la redevance sur les constructions de locaux à usage de bureaux ou locaux de recherche dans la région parisienne ou le cas du versement résultant du dépassement du plafond légal de densité.