Lorsqu’un assujetti à des secteurs d’activités qui ne sont pas soumis à des dispositions identiques au regard de la TVA, ces secteurs font l’objet de comptes distincts pour l’application du droit à déduction. Le montant de la taxe déductible au titre des biens communs aux différents secteurs est déterminé par l’application du rapport prévu à l’article 212 de l’annexe II (CGI, annexe II, article 213).

Le régime des « secteurs d’activités distincts » s’analyse en application d’une règle de l’affectation qui, en s’étendant aux immobilisations, déroge, pour ces dernières au principe d’application du pourcentage de déduction et évite ainsi les inconvénients liés au caractère forfaitaire de ce pourcentage. Mais, à la différence de la règle de l’affectation propre aux biens autres que des immobilisations et aux services, qui tient compte de l’affectation des opérations, le régime des secteurs distincts est plus global car il se réfère à la notion d’activité, laquelle peut comprendre plusieurs catégories d’opérations.

Les conditions de création d’un secteur distinct sont doubles :

• en premier lieu, l’application du régime des secteurs distincts ne se conçoit qu’en cas de pluralité d’activités par un même assujetti. Pour déterminer s’il y a pluralité d’activité, la jurisprudence du Conseil d’État retient généralement un ensemble de critères tenant à la fois à la nature économique de chaque activité et, surtout à l’utilisation de moyens différents (investissements et personnel distinct), ainsi qu’à la tenue d’une comptabilité séparée, etc...

• en second lieu, une fois établie la pluralité d’activités, il convient de déterminer si chaque activité n’est pas soumise à des dispositions identiques au regard de la TVA. Si toutes les activités de l’assujetti comprennent exclusivement des opérations ouvrant droit déduction, le régime des secteurs distincts n’a pas à être appliqué. Si, au contraire, une ou plusieurs activités comprennent, pour tout ou partie, des opérations n’ouvrant pas droit déduction (opérations exonérées), l’application du régime des secteurs distincts répond à un souci d’équité et de neutralité fiscale.

En ce qui concerne plus particulièrement les collectivités locales, ces dernières exercent une pluralité d’activité et, en règle très générale, ces activités sont chacunes placées dans une situation différente au regard du droit à déduction. D’ailleurs, le plus souvent, les règles de comptabilité publique imposent la tenue d’une comptabilité distincte pour chacune de ces activités, de sorte que l’application du régime des secteurs distincts à ces diverses activités va de soi, dans son principe comme dans ses modalités.

Les collectivités locales sont tenues d’ériger en secteurs distincts pour l’application des droit déductions les activités suivantes :

• les activités pour lesquelles elles ont opté pour le paiement volontaire de la TVA en application de l’article 260 A du CGI

• et d’une manière générale toutes les activités qui ne sont pas soumises à des dispositions identiques au regard de la TVA ou dont la sectorisation est imposée par des dispositions spécifiques ;

Sont notamment concernées les opérations de lotissement et d’aménagement de zones, l’activité de location de locaux soumis à la TVA sur option. En revanche, des services retraçant des activités qui ne comprendraient que des opérations imposables à la TVA de plein droit, n’entraînent pas l’obligation de constituer autant de secteurs distincts qu’il y a d’activités.